ドライ・バイオロジーのページ

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次世代シーケンサーのデータの解析などで、いろいろと出てくる専門用語のためのページ。
メモ代わりにいろいろ書いておく。

項目いろいろ

ある程度たまってきたら、内容別・ジャンル別に整理する予定です。

  • 相同性解析
「相同性解析」で検索したら、MEGAが出てきた。
MEGAとは?
 Molecular Evolutionary Genetics Analysis 強力な機能を持つ統合配列解析環境のGUIソフトウェア


  • メタゲノム解析
 本当は、「USEARCH」で検索したのだが、出てきたPDFファイルを見てみたら、これを見ればメタゲノム解析の全体像が大変よく分かるという内容で、まずはこのリンクにとんで、内容を勉強するのがよいと思う。


  • キメラ配列
 「キメラ配列 OTU」で検索したら出てきたPDFファイル。このファイル(全12枚)の11枚目にキメラ配列は出て来る。キメラ配列を見つけるのに使われるプログラムの一つが、USEARCH(UCHIME)とのことであった。


  • QIIMEとBLAST
 どちらも、相同性解析を行うと書いてあって、じゃあ両方のプログラムはどう違うんだろうと思って、「QIIME BLAST 違い」で検索したら、1番目に出てきたのがこのPDF。もともとの疑問の答えには全くなっていないのだが、内容は非常にためになる。なるべく最初に読んでおくと頭が整理されてよい。

上記のPDFを読むと、137ページ、左側の上から6行目に、
”ここでは、Mothur同様、菌叢解析のオープンソースソフトウェアであるQIIME(Quantitative Insights into Microbial Ecology, http;//qiime.org/)のassign_taxonommy.pyのプログラムのuclustのアルゴリズムを用いた。”
とある。
つまり、QIIMEとは、菌叢解析のオープンソースソフトウェアである。


  • クラスター分析


  • α多様性

  • β多様性

  • γ多様性


  • 主成分分析

 主成分分析について、以下のような記述を見つけた。
 それは”系統地図”とでもいうべき表現法で、基準株(type strain)の16S rDNAの塩基配列のデータを基準として、4500種にのぼる細菌の16S rDNAの塩基配列のデータの主成分分析(principal component analysis)を行い、菌株の位置を座標上の1つの点で表そうとするものである。
 一般に、菌株についてN種類の特性CHARACTERISTICS (i)を測定すると、各菌株はN次元の空間の点としてプロットすることができるが、この多次元空間を観察して菌株(点)のグループ分けを見つけ出すことは我々にとっては不可能である。そこで、多次元空間を情報量をなるべく失うことなく2次元あるいは3次元の空間に写像する手法がいくつかあり、主成分分析はその一種である。
 出典:「医学細菌の分類・命名の情報 11.系統樹から系統地図へ」吉田真一 感染症学雑誌 76(5) p337-340

 なんとなく、主成分分析という手法のイメージが思い浮かぶ記述だと思う。
 これに関連して、以下の記述を参考として挙げておく。
 「一方、菌科レベルで主成分分析を行ったところ、大きな二つの特徴が見られた。」
 出典:「アジアマイクロビオームプロジェクト:アジア人の食と健康のインターフェースとしての腸内フローラの理解に向けて」中山二郎 p32-39

 これも、主成分分析の腸内フローラ解析で果たす役割をイメージさせる例文だと思う。


  • レアファクション解析(Rarefaction解析)
 生態学において、サンプリングの結果をもとに生物多様性の度合いを求める方法。
 生態学の調査においては、サンプル数が十分な状態になるまでサンプリングを行うことが難しい。これを解決するために、統計的な数式を用いて、限られたサンプル数から多様性を推定する解析方法。


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  • 最終更新:2018-12-06 17:27:59

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